Di Kabupaten Pulau Morotai, Maluku Utara, Dana Desa dimanfaatkan untuk membangun rumah layak huni dan dapur sehat. Pulau Morotai merupakan salah satu daerah perbatasan yang berbatasan dengan Filipina. Bupati Pulau Morotai Benny Laos mengatakan, kebijakan program pembangunan rumah layak huni dan dapur sehat dilakukan lantaran rumah warga dianggap belum layak ditempati. Menurutnya, banyak rumah warga yang belum memiliki dapur, sehingga kebersihan makanan dan air tidak bisa terjaga. Jika hal itu, dibiarkan makan akan mempengaruhi kesehatan warga. Apalagi, Benny mengakui, sebelum pemerintahan Presiden Jokowi-Jusuf Kalla, pembangunan di daerah perbatasan belum berkembang, karena pemerintah pusat tidak terlalu memperhatikan daerah-daerah perbatasan. Tahun 2018, Benny bilang, dengan dukungan Dana Desa, berhasil membangun 2.000 rumah layak huni dan dapur sehat. "Tahun 2019, kami targetkan bisa membangun 3.000 rumah layak huni dan dapur sehat," kata Benny, kepada redaksi. Benny menjelaskan, anggaran untuk program layak huni dan dapur sehat diambil dari Dana Desa dan APBD Pulau Morotai yang dikelola oleh Dinas Perumahan dan Pemukiman (Perkim). "Anggaran rumah layak huni dan dapur sehat totalnya ada sekitar 8,3 miliar," kata Benny.

Sementara Sekretaria Daerah (Sekda) Morotai, Muhammad M Kharie mengatakan,  Dana Desa juga digunakan untuk mengembangkan sektor pariwisata, pertanian, perikanan dan kelautan. Hal itu dilakukan guna menopang pengembangan sektor unggulan program inovatif, yakni Morotai menyala, Morotai mengalir, Dapur Sehat atau Rumah Layak Huni, jalan tani, Kartu Morotai Sejatra (KMS), bidang pendidikan, bidang kesehatan, bidan transportasi, bidang telkomunikasi, percepatan infastruktur, pembangunan empat pasar Higinies, pembangunan infastruktur perikanan, pembangunan Water Front City dan pembangunan ruang terbuka hijau.